Presidenti i Republikës, Bajram Begaj dekretoi emërimin e Vlora Hyseni, si drejtuese te Shërbimit Informativ të Shqipërisë.
Më 17 mars kryeministri Edi Rama shkoi në zyrën e presidentit Begaj për të propozuar zonjën Hyseni në krye të këtij dikasteri me besimin se përgatitja e spikatur, eksperienca e krijuar në vite dhe respekti që zonja Hyseni gëzon në komunitetin ndërkombëtar të inteligjencës, përbëjnë një garanci të plotë për reformimin e mëtejshëm të shërbimit inteligjent shqiptar.
Në shkurt të vitit 2019, Vlora Hyseni ishte emëruar zëvendësdrejtoreshë në Agjencinë e Kosovës për Inteligjencë. Pas disa muajsh u shkarkua nga kryeministri Albin Kurti dhe presidentja Vjosa Osmani, prej të gjitha funksioneve të AKI-së. Në 2021 u emërua si këshilltare e kryeministrit të Shqipërisë Edi Rama.
Hyseni do të zëvendësojë në këtë detyrë Helidon Bendon, i cili dha dorëheqjen dhjetorin e vitit 2022.
Në shkurt të vitit 2019 ajo është emëruar zv/kryetare e Agjencisë së Kosovës për Inteligjencë (AKI). Ajo u emërua për një mandat pesë vjeçar nga presidenti i asaj kohe, Hashim Thaçi dhe kryeministri Ramush Haradinaj.
Në qershor të vitit 2021 ajo është shkarkuar nga ky post. Nga Zyra e Kryeministrit u njoftua se presidentja Vjosa Osmani dhe kryeministri Albin Kurti, morën vendim për shkarkimin e Hysenit.
“Vendimi është marrë në mbështetje të nenit 6 (paragrafi 4) të Ligjit Nr.03/L-063 për Agjencinë e Kosovës për Inteligjencë (GZ, Nr. 30, 15 qershor 2008). Vendimi për shkarkim e obligon znj. Vlora Hyseni të bëjë dorëzimin e të gjitha mjeteve dhe materialeve me të cilat ka qenë e ngarkuar. Gjithashtu, znj. Vlora Hyseni, sipas vendimit, obligohet që të ruaj të gjitha informacionet që ka marrë gjatë ushtrimit të detyrës, pavarësisht sesi i është dhënë qasja në to apo si i ka pranuar ato, apo në çfarëdo forme tjetër ka arritur të posedoj informacione të klasifikuara. Zbulimi ose mosruajtja e informacioneve të klasifikuara paraqet vepër penale të dënueshme sipas Kodit nr.06/074 Penal të Republikës së Kosovës, Ligjit Nr.03/L-178 për Klasifikimin e Informacioneve dhe Verifikimin e Sigurisë dhe legjislacionin tjetër përkatës në fuqi që ka të bëjë me informacionin e klasifikuar”, thuhej në njoftimin e Zyrës së Kryeministrit të Kosovës.
Në shtator të vitit 2021ajo ishte emëruar këshilltare e Kryeministrit Edi Rama. Rama e ka marrë atë si këshilltare për çështjet e sigurisë.
